Der in Kirch­heim unter Teck als Sohn eines herr­schaft­li­chen Gärt­ners gebo­re­ne Ker­ner, begann als Fünf­zehn­jäh­ri­ger eine Gärt­ner­leh­re an der Hohen Karls­schu­le, der von Her­zog Carl Eugen von Würt­tem­berg gera­de im her­zog­li­chen Lust­schloss Soli­tu­de gegrün­de­ten Uni­ver­si­tät.

Bereits 1780 wur­de er — der nie stu­diert hat­te — hier Leh­rer für Bota­nik und Pflan­zen­zeich­nung. Ab 1786 war er „Hof­rat von Würt­tem­berg und Zwei­brü­cken“ und 1792 wur­de er Asses­sor der öko­no­mi­schen Fakul­tät und 1794 deren Dekan. 1812 ver­lieh man ihm den Civil-Ver­dienst­or­dens, er durf­te sich nun „von Ker­ner“ nen­nen.

Kerners größ­ter Ver­dienst ist, die Genia­li­tät sei­nes Schü­lers Geor­ges Cuvier erkannt und geför­dert zu haben. Cuvier wur­de einer der bedeu­tends­ten Natur­wis­sen­schaft­ler sei­ner Zeit, der einer­seits sei­nen ehe­ma­li­gen Pro­fes­sor cha­rak­te­ri­siert als: „Bekannt durch eini­ge Wer­ke der Bota­nik mit Abbil­dun­gen, war Ker­ner nur ein Zeich­ner und kein Natur­for­scher.“

Ande­rer­seits schreibt er ihn in einem Brief an ihn: „Sehr geehr­ter Freund, Sie haben mich als Ers­ter zum Stu­di­um der Natur geführt … Sie ent­wi­ckeln die Bota­nik durch Ihre Ent­de­ckun­gen auf bewun­derns­wer­te Wei­se.“

Ker­ner ver­öf­fent­lich­te zahl­rei­che bota­ni­sche Wer­ke, die er meist selbst illus­trier­te. Vie­le sei­ner Bücher haben einen prak­ti­schen oder regio­na­len Bezug, wie sei­ne „Beschrei­bung und Abbil­dung der Bäu­me und Gesträu­che, wel­che im Herzog­thum Wirt­em­berg wild wach­sen“, erschie­nen zwi­schen 1783 und 1792.